Comme Raja Ampat compte plus de 1500 îles, vous aurez raison de penser que la faune varie d'île en île. Sur l'île de Waigeo par exemple, vous trouverez des couscous et des espèces endémiques de cette île spécifique, également appelées couscous tachetés de Waigeo. Ces marsupiaux à fourrure sont des animaux nocturnes et la fourrure de cet animal unique est blanchâtre avec des taches noires. Sur l'île de Gam, certaines des espèces de chauves-souris que vous pouvez voir sont le renard volant de la baie de Cendrawasih, la chauve-souris frugivore à dos nu de Beaufort et la chauve-souris à queue gainée de Raffray. Sur l'île de Kri, les varans sont largement répandus, ainsi que les couscous et les geckos. Vous pouvez également voir des crabes de noix de coco; malgré que cette espèce soit répertoriée comme une espèce en voie de disparition, il est facile de l'apercevoir sur cette île. Ce crabe nocturne ne sortira que la nuit pour se nourrir de noix de coco. L'île de Kri possède également des forêts riches en oiseaux, faisant partie de ces plusieurs espèces de perroquets eclectus, loriquets, cacatoès, martins-pêcheurs, kookaburras, calaos, oiseaux de boucherie, pigeons, souimangas, méliphages, hirondelles, bergeronnettes, volailles broussailles, aigrettes, tadornes à tête blanche, frégates et aigles pêcheurs. Les ornithologues seront aux anges !